Messages à retenir

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# Messages à retenir
## En guise d’au-revoir 
### L’équipe au complet  
### .inst[Décembre 2021]

---

```r
is_reproducible <- function(recherche) {

reqs <- c("Données", "Métadonnées", "Matériel & Méthodes", "Article")

if (sum(is.element(recherche, reqs)) == length(reqs)) {
 cat("'[x_-]' <(Congrats, this research is REPRODUCIBLE!)\n")
 } else {
 cat("'[-_-]' <(BoOoOo, this research is NOT REPRODUCIBLE!)\n")
 }
}
```

Si on prend par exemple, un article.

```r
recherche_a <- c("Article")
is_reproducible(recherche_a)
```

```
## '[-_-]' <(BoOoOo, this research is NOT REPRODUCIBLE!)
```

```r
recherche_b <- c("Matériel & Méthodes", "Article")
is_reproducible(recherche_b)
```

```
## '[-_-]' <(BoOoOo, this research is NOT REPRODUCIBLE!)
```

```r
recherche_c <- c("Données", "Métadonnées", "Matériel & Méthodes", "Article")
is_reproducible(recherche_c)
```

```
## '[x_-]' <(Congrats, this research is REPRODUCIBLE!)
```

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**A vous de choisir le degré de complexité** mais respectez ces **3** principes :
 
 
 
 
&nbsp;
**Organisez vos fichiers selon les conventions de votre communauté**.
 
 
 
 
&nbsp;
**Séparez données, méthodes et résultats**, tout en explicitant votre démarche.
 
 
 
 
&nbsp;
**Specifiez l'environnement de développement** qui a été utilisé pour réaliser vos analyses.

---

&nbsp;
**Organisez vos fichiers selon les conventions de votre communauté**.
 
 
 
 
Organisez votre répertoire de travail avec des sous-dossiers : construisez un `Research Compendium` - [Lecture](https://faculty.washington.edu/bmarwick/PDFs/Marwick-Boettiger-Mullen-2018-TAS-research-compendia.pdf)

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&nbsp;
**Séparez données, méthodes et résultats**, tout en explicitant votre démarche.
 
 
 
 
Développez des fonctions 
dans un sous-dossier `R/` et documentez-les avec `devtools::document()`
(pour les rendre accessible à vos analyses grâce au `NAMESPACE`)
 
 
 
 
Intégrez vos analyses, résultats et éléments textuels avec `RMarkdown`

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&nbsp;
**Specifiez l'environnement et l'historique de développement** qui a été utilisé pour réaliser vos analyses.

`Versionnez` votre développement avec et GitHub (ou GitLab )

Créez un fichier `DESCRIPTION` et utilisez les fonctions :
 - `devtools::install_deps()` : évite d'utiliser `install.packages()`
 - `devtools::load_all()` : évite d'utiliser `library()` et `source()`

Créez un `README` pour décrire l'environnement de développement
(e.g. `devtools::session_info()`), et pour les plus téméraires, ayez l'esprit `Docker`

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**Et aussi...**
 
 
 
 
&nbsp;
**Pour un travail collaboratif :**

(potentiellement avec vous-même dans 3 mois)

`Versionnez` votre développement avec et GitHub (ou GitLab )
 
 
 
 
&nbsp;
**Utilisez un "pipeline" si vos analyses prennent du temps :**

Packages `{drake}` , `{targets}`
 
 
 
 
&nbsp;
**Pour diffuser / réutiliser vos fonctions :**

Construisez un `package R` (n'oubliez pas le `.Rbuildignore`)