L’objectif de cet exercice est de vous familiariser avec l’utilisation de targets, package permettant d’optimiser le flux de travail.
Nous allons intégrer targets au research compendium créé lors de l’exercice 3.
Avant toute chose, supprimez la ligne devtools::load_all() du fichier make.R : cette fonction n’est pas prise en compte par targets pour charger les fonctions.
Puis, procédez comme suit :
Ecrivez votre plan d’analyses dans un fichier _targets.R placé à la racine du projet. N’oubliez d’attacher les packages targets et tarchetypes avec la fonction library() et de sourcer les différentes fonctions avec source().
Le dernier élément du pipeline sera le rapport index.Rmd vu à l’exercice précédent. Cependant, celui-ci n’exécutera aucune fonction créée (celles-ci seront gérées par targets). Le fichier Rmd se contentera d’importer les outputs : vous devrez exporter la figure (avec une nouvelle fonction) dans le dossier figures/. L’affichage du tableau résultat pourra se faire avec les fonctions targets::tar_read() et/ou targets::tar_load().
Finalement, dans le fichier make.R remplacez la ligne rmarkdown::render() par tar::tar_make()
Pensez aux commits ! Pensez aussi à mettre à jour la liste des dépendances dans le fichiers DESCRIPTION.
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