Rmarkdown

L’objectif de cet exercice est de vous familiariser à l’utilisation de Rmarkdown. Plus précisément, vous verrez comment exécuter l’ensemble des analyses et la rédaction dans un même fichier .Rmd.

Consignes

Nous allons utiliser les données WildFinder du WWF pour répondre à la question suivante : Dans combien d’écorégions différentes retrouve-t-on chaque espèce d’Ursidés ?

Pour ce faire, continuez à travailler dans le research compendium créé lors de l’exercice 1 et écrivez des fonctions pour :

• Importer chaque fichier csv (utiliser la fonction readr::read_csv())
• Sélectionner uniquement les espèces de la famille des Ursidae
• Joindre les trois tables entre elles
• Compter le nombre d’écorégions où se retrouve chaque espèce
• Faire une visualisation graphique montrant le nombre d’écorégions par espèce

Puis, créez un fichier index.Rmd à la racine du projet qui appellera chaque fonction créée précédemment. Devrons figurer dans le document final, a minima, le résultat demandé sous forme de tableau (fonction knitr::kable()) et de figure, ainsi que la source des données.

Finalement, ajoutez une ligne de code dans votre make.R qui permettra de transpiler votre index.Rmd en version index.html (fonction rmarkdown::render()).

Pensez aux commits ! Pensez aussi à mettre à jour la liste des dépendances dans le fichiers DESCRIPTION.

Bonus

Si votre code est bien écrit, vous pouvez rapidement l’exécuter avec une autre famille de Mammifères !